Le verbe voguer vient de l’ancien bas allemand wogon qui est une variation de wagon signifiant littéralement se balancer. Le mot italien vogare est quant à lui emprunté à l’ancien français.
Le nom masculin wagon vient en revanche de l’anglais waggon qui désigne un chariot (dictionnaire étymologique). Le mot anglais vient lui-même du germanique wagna, de racine indo-européenne (en latin, le mot est veho).